Analystiden reduceras avsevärt från cirka en timme till några minuter genom den nyligen rapporterade RTF-EXPAR-metoden som använder omvänt transkriptasfritt (RTF) tillvägagångssätt för konvertering av RNA in DNA- följt av EXPAR (Exponential Amplification Reaction) för amplifiering vid enstaka temperatur.
Att kontrollera hastigheten på Covid-19 spridning kräver en noggrann och snabbare strategi för virustestning. RT-PCR (omvänd transkriptaspolymeraskedjereaktion), den mest exakta testmetoden som för närvarande används är ett tvåstegstest som tar cirka 60 minuter per prov.
Forskarna från University of Birmingham har rapporterat en ny metod för att detektera SARS-CoV-2. Detta kan möjliggöra mycket snabbare testning och är tillräckligt känsligt.
Den virala RNA-detektionen av RT-PCR (omvänd transkriptaspolymeraskedjereaktion) involverar omvandling av viralt RNA till komplementärt DNA (cDNA) följt av amplifiering av cDNA med en kvantitativ PCR (qPCR). cDNA:t detekteras sedan med användning av ett fluorescerande färgämne. Detta tar upp till en timme.
Analystiden reduceras avsevärt från cirka en timme till några minuter genom den nyligen rapporterade RTF-EXPAR-metoden som använder omvänt transkriptasfritt (RTF) tillvägagångssätt för omvandling av RNA till DNA- följt av EXPAR (Exponential Amplification Reaction) för amplifiering vid enstaka temperatur. Förstärkningen som sker vid en enda temperatur är nyckeln till hastighet, eftersom den undviker långa uppvärmnings- och kylningssteg av RT-PCR. Vidare är sektionen av DNA som amplifieras mindre jämfört med RT-PCR. Därför genererar EXPAR upp till 108 strängar av DNA-produkt på några minuter. Duplexbildningen övervakas, som i RT-PCR-metoden med användning av fluorescerande färgämne, SYBR Green.
Intressant nog kan den nya metoden modifieras för att upptäcka flera andra infektionssjukdomar orsakade av RNA-virus, till exempel ebola, RSV, etc.
Källa (er):
Carter et al (2020). Sub-5-minuters detektion av SARS-CoV-2 RNA med hjälp av en omvänt transkriptasfri exponentiell amplifieringsreaktion, RTF-EXPAR. Förtryck. Publicerad på medRxiv Publicerad 04 januari 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
