den fullständiga humant Genome sekvensen av de två X-kromosomerna och autosomerna från den kvinnliga vävnadshärledda cellinjen har fullbordats. Detta inkluderar 8% av Genome sekvens som saknades i det ursprungliga utkastet som släpptes 2001.
den fullständiga humant Genome sekvensen av hela 3.055 miljarder baspar har avslöjats av Telomere-to-Telomere (T2T) Consortium. Detta representerar den största förbättringen av humant referens Genome släpptes 2001 av Celera Genomics and the International Mänskligt Genome Sekvenseringskonsortium. Den där Genome sekvensen täckte de flesta av de eukromatiska regionerna medan de antingen utelämnade heterokromatinregionerna eller felaktig representation. Dessa regioner utgör 8 % av humant Genome som äntligen har avslöjats. Den nya T2T-CHM13 referensen1 inkluderar komplett sekvens för alla 22 autosomer plus kromosom X. Denna nya referenssekvens har också korrigerat många fel och har lagt till cirka 200 miljoner bp av nya sekvenser innehållande 2,226 115 genkopior, av vilka XNUMX förutspås vara proteinkodande.
Det nuvarande referensgenomet GRCh38.p13 har varit ett resultat av två stora uppdateringar, en 2013 och den andra 2019 på 2001 års Celera-genomsekvens. Den hade dock fortfarande 151 miljoner baspar av okänd sekvens fördelade över hela Genome, inklusive pericentromera och subtelomera regioner, duplikationer, gen- och ribosomala DNA (rDNA)-arrayer, vilka alla är nödvändiga för fundamentala cellulära processer. Den nya referensen har fått namnet T2T-CHM13 eftersom den kommer från sekvensering av DNA från CHM13 (Complete Hydatiform Mole) cellinje och utförs av T2T-konsortiet. Cellinjen härrör från onormalt befruktat ägg eller en överväxt av vävnad från moderkakan där kvinnor verkar vara gravida (falsk graviditet), därför representerar sekvensen endast de två X-kromosomerna och autosomerna hos honan. Flera sekvensteknologier har använts som PacBio, Oxford Nanopore, 100X och 70X Illumina-sequencers för att nämna några. De tekniska framstegen inom sekvensering har lett till sekvensering av de återstående 8% som nämnts ovan.
Den enda begränsningen för T2T-CHM13-sekvensen är avsaknaden av en Y-kromosom. Denna sekvensering pågår för närvarande med hjälp av DNA från HG002-cellinjen, som har en 46 (23 par) med en XY-karyotyp. Sekvensen kommer sedan att sättas ihop med samma metoder som utvecklats för det homozygota CHM13-genomet.
Tillgängligheten av T2T-CHM13 som en ny referens Genome representerar ett stort genombrott som kommer att hjälpa till att förstå rollen av heterokromatinregioner och hjälpa till att förstå dess effekter på cellprocesserna mer i detalj. Tills Y-kromosomsekvenseringen är klar kommer detta att fungera som referensgenomet för framtida studier för att förstå de cellulära processerna och funktionerna.
***
Referensprojekt
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. Den fullständiga sekvensen av en humant genom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
