SARS-CoV-2: How Serious is B.1.1.529-varianten, nu heter Omicron

B.1.1.529-varianten rapporterades först till WHO från Sydafrika den 24^th November 2021. Den första kända bekräftade B.1.1.529-infektionen kom från ett prov som togs den 9^th november 2021¹. En annan källa² indikerar att denna variant först upptäcktes i prover som samlades in den 11^th november 2021 i Botswana och den 14^th november 2021 i Sydafrika. Sedan dess har antalet fall av covid-19 ökat kraftigt i nästan alla provinser i Sydafrika. Som den 27^th November 2021 har nya fall av denna variant också rapporterats i Belgien, Hongkong, Israel, Storbritannien³, Tyskland, Italien och Tjeckien som alla är reserelaterade till sitt ursprung.  

Tack till de sydafrikanska myndigheterna för att de inte tog sig tid att kommunicera och dela relevant information med det globala forskarsamhället så att WHO:s expertgrupp kunde träffas den 26.^th november 2021 och snabbt utse denna variant som en variant av oro (VOC). Sakens allvar kunde bedömas utifrån det faktum att B.1.1.529 utsågs till en variant under övervakning (VUM) för bara två dagar sedan den 24.^th november 2021 innan den utsågs till VOC den 26^th november 2021 utan att först utses som variant under utredning (VOI).  

Tabell: SARS-CoV-2-varianter av intresse (VOC) den 26 november 2021 

Det brådskande att utse B.1.1.529 som en variant av oro (VOC) var berättigad eftersom man fann att denna variant är den mest divergerande varianten av SARS-CoV-2 hittills. Jämfört med SARS-CoV-2-viruset som ursprungligen upptäcktes i Wuhan, Kina, har detta så många som 30 aminosyraförändringar, 3 små deletioner och 1 liten insättning i spikeproteinet. Av dessa förändringar är 15 belägna i receptorbindningsdomänen (RBD), den del av viruset som gör det möjligt för det att ta sig in i mänskliga celler, vilket leder till infektion. Denna variant har också ett antal förändringar och deletioner i andra genomiska regioner². Mutationerna är så omfattande att man skulle kunna kalla det en ny stam, istället för en variant. Den otroligt höga mängden spikmutationer innebär en ökad möjlighet att fly från kända antikroppar vilket gör denna variant till en allvarlig oro.⁵.  

Att byta till nya varianter är vanligt för coronavirus. Det har alltid varit sakens natur för koronavirus att genomgå mutationer i sina genom i extremt höga hastigheter, på grund av bristen på korrekturläsande nukleasaktivitet hos deras polymeraser; mer överföring, mer replikationsfel och därmed fler mutationer ackumuleras i genomet, vilket leder till nya varianter. Mänskliga coronavirus har byggt upp mutationer för att skapa nya varianter i den senaste historien. Det fanns flera varianter som orsakade epidemier sedan 1966, då det första avsnittet spelades in⁶. Men varför en så omfattande mutation i en enda skur? Kan bero på att B.1.1.529-varianten utvecklades under en kronisk infektion hos en person med nedsatt immunförsvar, möjligen en obehandlad HIV/AIDS-patient⁷.  

Oavsett vad som kan vara orsaken till omfattande mutationer, om den snabba hastigheten med vilken den har spridit sig i Sydafrika är någon indikation, kan utvecklingen av denna variant ha oerhört stor betydelse för immunitet, överföringsförmåga och virulens och effektivitet hos befintliga vacciner som för närvarande används.  

Huruvida de befintliga vaccinerna kommer att förbli effektiva mot denna nya variant eller om det kommer att finnas fler fall av vaccingenombrottsinfektioner, finns det för närvarande få data tillgängliga för att dra några slutsatser. Men i en nyligen genomförd studie hade en syntetisk variant med 20 mutationer i spikeproteinet visat nästan fullständigt flykt från antikroppar⁷. Detta indikerar att den nya varianten B.1.1.529 med betydligt fler ökade mutationer, kan visa signifikant minskad neutralisering av antikroppar. Den nya varianten verkar dock vara mer överförbar med den snabba hastigheten med vilken den har ersatt Delta-varianten i Sydafrika, även om den aktuella informationen inte är tillräcklig nog för att göra någon tillförlitlig uppskattning. På samma sätt är det inte möjligt att uttala sig om symtomens svårighetsgrad i detta skede.  

Med tanke på det faktum att Europa redan rasar med ett ovanligt stort antal covid 19-fall (på grund av mycket överförbar deltavariant) under de senaste veckorna och den snabba takt som Omicron (B.1.1.529) variant har spridit sig i Sydafrika nyligen ersatt deltavariant, flera länder i Europa inklusive Storbritannien, Tyskland och Italien har infört reserestriktioner för ankomster från Sydafrika och från grannländer som Botswana, Malawi, Moçambique, Zambia och Angola. Israel är rädd för det värsta och kommer att förbjuda inresa för besökare från alla länder.  

Världen har investerat så mycket i att utveckla och administrera covid-19-vacciner för att skydda människor från pandemin. Frågan som är högst upp i huvudet hos både forskare och myndigheter är om de viktigaste covid-19-vaccinerna som Pfizer–BioNTech, Oxford–AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson kommer att förbli effektiva mot Omicron (B.1.1.529) varianten också . Detta underblåses av det faktum att genombrottsinfektioner har rapporterats i Sydafrika. De två fallen i Hongkong hade också fått vaccindoser⁹. 

Utveckling av "pan-coronavirus"-vacciner¹⁰ (multivalenta vaccinplattformar¹¹) verkar vara timmens behov. Men snabbare kan det vara möjligt att snabbt tillverka boosterdoser av mRNA- och DNA-vaccin som täcker mutationerna. Dessutom den nyligen godkända antivirala medel (Mercks Molnupiravir och Pfizers Paxlovid) borde vara till nytta för att skydda människor från sjukhusvistelse och dödsfall.   

 *** 

Referenser:  

1. WHO 2021. Nyheter – Klassificering av Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. Publicerad 26 november 2021. Tillgänglig online på https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Europeiskt centrum för förebyggande och kontroll av sjukdomar. Konsekvenser av uppkomsten och spridningen av SARSCoV-2 B.1.1. 529 variant av oro (Omicron), för EU/EES. 26 november 2021. ECDC: Stockholm; 2021. Tillgänglig online på https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. UK Govt 2021. Pressmeddelande – Första brittiska fall av Omicron-variant identifierade. Publicerad 27 november 2021. Tillgänglig på https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. WHO, 2021. Spårning av SARS-CoV-2-varianter. Tillgänglig online på https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock: B.1.1 avkomling associerad med södra Afrika med stort antal Spike-mutationer #343. Tillgänglig online på https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Varianter av Coronavirus: Vad vi vet hittills. Vetenskaplig europeisk. Upplagt 12 juli 2021. Tillgänglig online på http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Vaccinarbete – Vad vet vi om den nya B.1.1.529 coronavirusvarianten och bör vi vara oroliga? Tillgänglig på https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Hög genetisk barriär mot SARS-CoV-2 polyklonala neutraliserande antikroppar. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Kraftigt muterad variant av coronavirus sätter forskare på beredskap. Natur News. Uppdaterad 27 november 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. "Pan-coronavirus"-vacciner: RNA-polymeras uppstår som ett vaccinmål. Vetenskaplig europeisk. Publicerad 16 november 2021. Tillgänglig på http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Nyhetsmeddelande – NIAID utfärdar nya utmärkelser för att finansiera "pan-coronavirus"-vacciner. Upplagt 28 september 2021. Tillgänglig på https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

***